En Codex Naturalis, los jugadores continúan la labor del monje iluminador Tybor Kwelein, ensamblando las páginas de un manuscrito que cataloga las especies vivas de los bosques primarios. El objetivo es colocar las páginas en el mejor orden posible, decidiendo si sacrificar una especie para desarrollar el manuscrito.
Cada jugador comienza con una carta en la mesa que muestra una combinación de los cuatro recursos posibles, ya sea en el centro, en las esquinas o en ambos. Además, cada jugador tiene en la mano dos cartas de recurso y una carta de oro, mientras que dos cartas de cada tipo están visibles en la mesa.
En cada turno, se coloca una carta de la mano solapando las esquinas de una o más cartas ya en juego. La carta inicial tiene cuatro esquinas que se pueden solapar, mientras que las cartas de recurso y de oro solo tienen tres.
Las cartas de recurso no tienen coste de juego y suelen mostrar símbolos de recurso en sus esquinas. Las cartas de oro otorgan puntos al jugarse, pero a menudo requieren recursos específicos (por ejemplo, tres hongos o dos plantas/un animal/un insecto) que deben estar visibles en el manuscrito en el momento de jugarlas. Los puntos de estas cartas se obtienen de inmediato; algunas tienen un valor fijo y otras uno variable, dependiendo de cuántos símbolos específicos se muestren o cuántas esquinas se hayan cubierto en ese turno.
Opcionalmente, se puede jugar una carta de la mano boca abajo. Esta carta tiene cuatro esquinas y un recurso, pero no otorga puntos. Tras jugar, se roba una carta visible o la primera carta de cualquiera de los mazos para reponer la mano.
Cuando un jugador alcanza los 20 puntos, se completa la ronda y cada jugador realiza un turno adicional. Después, los jugadores puntúan según lo bien que hayan cumplido dos cartas de objetivo público y una carta de objetivo secreto. El jugador con más puntos gana la partida.
